Der Standard verfolgt in der aktuellen Version v2 einen ganzheitlichen Ansatz und umfasst zehn Themenbereiche (sogenannte Konzepte), die das Wohlergehen und die Gesundheit der Mietparteien und Nutzenden bewerten: Luft, Wasser, Ernährung, Licht, Bewegung, thermischer Komfort, Klang, Materialien, Geist (psychische Gesundheit) und Gemeinschaft. Besondere Initiativen werden in der Zusatzkategorie Innovationen gewürdigt.
Jedes Konzept umfasst eine Vielzahl an Kriterien wie auch Mindestanforderungen (sogenannte Preconditions), die zu erfüllen sind, um eine Zertifizierung zu erreichen.
Die niedrigste Auszeichnungsstufe bei WELL ist Bronze (mind. 40 Punkte). Um eine höherwertige Zertifizierung in Silber (mind. 50 Punkte), Gold (mind. 60 Punkte) oder Platin (mind. 80 Punkte) zu erreichen, sind Optimierungsmaßnahmen in den einzelnen Themenbereichen abzuleiten und umzusetzen.
Das Programm unterscheidet drei Projektarten: neue und bestehende Gebäude, neue und bestehende Innenausstattung, Kern und Hülle. Ähnlich wie bei den anderen Zertifizierungssystemen sind Bestandszertifizierungen alle drei Jahre durch eine Rezertifizierung zu bestätigen.